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Predicted Ligands for the Human Urotensin‐II G Protein‐Coupled Receptor with Some Experimental Validation 下载免费PDF全文
Dr. Soo‐Kyung Kim Prof. William A. Goddard III Dr. Kyu Yang Yi Dr. Byung Ho Lee Chae Jo Lim Prof. Bartosz Trzaskowski 《ChemMedChem》2014,9(8):1732-1743
Human Urotensin‐II (U‐II) is the most potent mammalian vasoconstrictor known. 1 Thus, a U‐II antagonist would be of therapeutic value in a number of cardiovascular disorders. 2 Here, we describe our work on the prediction of the structure of the human U‐II receptor (hUT2R) using GEnSeMBLE (GPCR Ensemble of Structures in Membrane BiLayer Environment) complete sampling Monte Carlo method. With the validation of our predicted structures, we designed a series of new potential antagonists predicted to bind more strongly than known ligands. Next, we carried out R‐group screening to suggest a new ligand predicted to bind with 7 kcal mol?1 better energy than 1‐{2‐[4‐(2‐bromobenzyl)‐4‐hydroxypiperidin‐1‐yl]ethyl}‐3‐(thieno[3,2‐b]pyridin‐7‐yl)urea, the designed antagonist predicted to have the highest affinity for the receptor. Some of these predictions were tested experimentally, validating the computational results. Using the pharmacophore generated from the predicted structure for hUT2R bound to ACT‐058362, we carried out virtual screening based on this binding site. The most potent hit compounds identified contained 2‐(phenoxymethyl)‐1,3,4‐thiadiazole core, with the best derivative exhibiting an IC50 value of 0.581 μM against hUT2R when tested in vitro. Our efforts identified a new scaffold as a potential new lead structure for the development of novel hUT2R antagonists, and the computational methods used could find more general applicability to other GPCRs. 相似文献
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随着城市化进程的加快,城市地下空间开发趋向更大规模和更深层次,进而产生了众多新型城市工程地质问题,现有城市工程地质学课程的教学内容和模式已不能满足国家城市建设主题和社会需求。文章结合城市工程地质学课程教学和科学研究经验,提出以经典工程地质学及城市地质的知识系统为基础,以应用导向型国内外工程案例为补充,以信息化平台为交流和学习手段,以问题导向型小组学习为教学辅助手段,充分利用社会资源推进实践教学的特色教学体系,学生的主体作用和教师的引领作用得以充分发挥。新的课程体系有利于提高学生学习能力和主动性,帮助学生获得学科最新科研成果,教学效果较好。 相似文献
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针对水利工程施工进度的多准则群决策问题,提出了一种新的模糊灰色多准则决策模型。该模型基于模糊集理论、灰色关联分析和折衷解的理论方法,将各决策属性和决策者权重的语言变量转化为梯形模糊数;采用改进的 GRA-VIKOR方法对模糊信息群体决策问题进行求解,并对各决策者的群体效益值和个体遗憾值进行聚合;通过折衷解对施工进度方案进行排序,获得最优方案。该模型有效地避免了信息的扭曲和丢失,确保了决策信息的完备性。通过在某水利工程施工进度方案优选的案例分析与计算,证明了该模型的有效性和实用性。 相似文献
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大型洞室群稳定性与优化的并行进化神经网络有限元方法研究--第一部分:理论模型 总被引:9,自引:5,他引:9
提出并行进化神经网络有限元方法,通过有限元计算构造样本,用并行进化搜索到的神经网络学习并建立计算方案与地下洞室关键点最大位移和破损区体积之间的映射关系;随机产生一组初始方案,以关键点最大位移和破损区体积大小与参考值的差值比加权和作为评价指标,对该组方案进行遗传操作,产生下一代可行方案,由此进行下一步操作直至找到最优方案。利用自主开发的基于WINDOWS平台的并行计算环境(RsmVPC)来实现并行计算,该方法使得大规模优化问题在PC机群上实现了并行求解,提高了计算速度、规模与精度。 相似文献
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岩土工程中常遇到级配不连续的粗粒土,这类间断级配粗粒土的压实特性尚不清楚。通过开展室内压实试验,探究了影响间断级配粗粒土压实特性的主要因素。试验发现,间断级配与连续级配料相比,缺少d30以下的粒径不利于压实,缺少中间粒径反而可能有利于压实。其干密度随基准级配分形维数D的增加而增大,并且D=2.5~2.7时压实性最好;随细料含量的增加先增后减,而最优细料含量与粗、细料单独堆积密度以及粗细颗粒堆积过程中的相互干扰程度有关。据此建立了间断级配粗粒土压实干密度的预测模型,通过少量压实试验即可得获得干密度与细料含量的关系曲线,从而得到最优细料含量和满足干密度要求的细料含量区间,可以较大程度上减少试验工作量。 相似文献
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我国城市贫困群体解析 总被引:4,自引:0,他引:4
城市存在贫困群体是我国面临和必须正视的一个现实而又重大的社会问题、政治问题,必须清醒地看到我国城市贫困群体的现状及城市反贫困的长期性和艰巨性;必须确立与国债相适应的城市反贫困战略和反贫困对策。 相似文献
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考虑在软土地基上高层钢框架与群桩-土之间共同作用的影响,提出应用整体空间力学分析方法,建立相应的三维空间串并联质点动力计算简图和计算方法,着重分析了群桩-地基土对上部钢框架结构动态受力的影响情况,包括结构振型、周期、位移、内力等动力特性及地震反应。并与刚性地基基础情况下的结构计算结果进行比较,认为此类结构在地震动作用下,共同作用的影响不可忽视,指出结构分析及设计中应注意的一些问题。 相似文献
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北京地区群桩基础桩土荷载分担的现场试验研究 总被引:3,自引:1,他引:3
对一系列足尺群桩竖向静载荷试验的部分结果进行的分析和总结。试验采用钻孔灌注桩,方案包括单桩、三桩、六桩纯摩擦和端承摩擦桩各一组。首先对试验作了简要介绍。然后对比分析了单桩和群桩、群桩中桩数(桩距)以及端承条件不同(纯摩擦与端承摩擦)等影响因素下,不同方案所得到的基底桩间土反力分布、承台下各桩荷载分配的规律以及桩土荷载分担情况等一系列有意义的结果。试验表明,对于本次试验的具体情况,在桩距为3.08D下,群桩基础桩间土可以分担24%鶫27%的荷载,在桩距4.35D下,可以分担35%鶫42%的荷载。因此,在北京地区可以在桩基设计中适当考虑桩间土分担荷载的作用,同时用改变桩基结构(布桩形式、桩距、端承条件等因素)的方法调整桩土荷载的分布特征和分担比例。 相似文献